ด้วยเจตนารมณ์ที่ต้องการสร้างโรงเรียนเซนต์ปีเตอร์ ธนบุรี ให้เป็นสถาบันการศึกษาที่มีความก้าวหน้าทางวิทยาการ และผลิตนักเรียนที่มีคุณภาพ สร้างความเจริญก้าวหน้าแก่ตนเองและครอบครัว เป็นกำลังสำคัญในการพัฒนาประเทศชาติอย่างแท้จริง

ตราสัญลักษณ์ของโรงเรียน

สัญลักษณ์ของโรงเรียนประกอบด้วย วงกลมล้อมรอบ เทียน หนังสือ หัวใจ อยู่ตรงกลางของวงกลม ชื่อโรงเรียน “โรงเรียนเซนต์ปีเตอร์ ธนบุรี” อยู่ด้านบนของวงกลม ด้านล่างเป็นที่ตั้งของโรงเรียน “แขวงคลองขวาง เขตภาษีเจริญ กรุงเทพฯ”

สีประจำโรงเรียน

สีฟ้า

หมายถึง สีที่เป็นสัญลักษณ์ของแม่พระ เป็นสีที่แสดงถึงความสวยสดงดงามของธรรมชาติ และสิ่งสร้าง เป็นเครื่องหมายถึง ความสุข สงบ และสันติ และหมายถึง ความหวังแห่งอนาคตที่สดใส

สีขาว

หมายถึง ความบริสุทธิ์ผุดผ่อง ปราศจากราคีและมลทินใด ๆ

ต้นไม้ประจำโรงเรียน

ต้นเหลืองปรีดียาธร (ตะเบเหลือง) 

ชื่อพื้นเมือง

เหลืองปรีดียาธร

ชื่อวิทยาศาสตร์

Tabebuia aurea (silva manso)Benth

ชื่อวงศ์

Bignoniaceae

ชื่อสามัญ

Silver trumpet tree,Tree of gold Paraguayan silver trumpet tree

ความหมาย

เป็นต้นไม้ที่มีความแข็งแรง ทนทานต่อสภาพดินฟ้าอากาศ ออกดอกสีเหลืองในช่วงเดือนกุมภาพันธ์ถึงเดือนมีนาคม เปรียบได้กับความสำเร็จการศึกษา ของผู้เรียนที่พร้อมจะแสดงตนเองให้ปรากฏต่อสังคมได้อย่างมีคุณภาพและความภูมิใจ