โรงเรียนเซนต์ปีเตอร์ ธนบุรี เน้นส่งเสริมการจัดการเรียนการสอนผ่านการบูรณาการทางวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและคณิตศาสตร์ มุ่งเน้นพัฒนาทักษะด้านการคิดคำนวณและด้านภาษาอังกฤษ-ภาษาจีน พร้อมทั้งสอดแทรกการเรียนการสอนด้านคุณธรรม-จริยธรรมและทักษะการใช้ชีวิต

       ปัจจุบัน โรงเรียนเซนต์ปีเตอร์ ธนบุรี มีหลากหลักสูตรให้เลือกเรียนตามความต้องการ Academic Program / Mini Intensive Program / Intensive Program และ แผนการเรียนวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์ / คณิตศาสตร์-ภาษาอังกฤษ สำหรับระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย